La ville est colonisée dès le XVIIe siècle, mais il faut attendre le début du XVIIIe siècle pour que les premières concessions de terre destinées à la culture du café soient accordées dans cette région d’accès difficile.
La population augmente et en 1732, monsieur Teste, curé de Sainte-Suzanne, demande la création d’une paroisse. Aidé du gouverneur de l’île, Pierre Benoît Dumas, il obtient un accord du Conseil Supérieur de Bourbon en janvier 1734. Le premier registre curial est ouvert le 7 mai 1734 et l’église achevée en 1735. La paroisse puis la commune érigée en 1815 sont nommés Saint-Benoît en l’honneur du gouverneur.
Saint Benoît, gratifié d’un climat ensoleillé et fréquemment arrosé, devint vite un paradis pour les cultures les plus diverses : c’est là que Joseph HUBERT acclimata les épices rapportées par Pierre POIVRE et que prospérèrent le manguier d’Inde, le letchi de Chine et plus tard la vanille du Mexique.
Au début du XIXe siècle, le paysage agricole de la ville change : la culture de la canne à sucre prend peu à peu une place prépondérante. C’est une période faste pour la commune : la qualité des cannes est excellente. De nombreuses usines sont créées et la population croît jusqu’à atteindre les 20 000 habitants. Hubert Delisle, natif de Saint-Benoît, devient gouverneur de l’île. Malgré une mer souvent démontée, le trafic maritime se développe avec l’apparition de « marines » d’où le sucre est chargé dans des chaloupes vers les navires. Ce trafic prend fin avec l’arrivée du chemin de fer en 1882.
En 1950, un terrible incendie ravage le centre-ville. La reconstruction s’achève dans les années 60, avec la maternité, le nouvel hôtel de ville et le lycée. Les années 1980 sont marquées par une développement important de la commune tant au niveau de l’habitat que du commerce et de l’industrie. De commune rurale, Saint Benoît, sous-préfecture depuis 1968, devient donc une commune urbaine, bien que les terres agricoles y soient encore importantes.